![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
eugenegpв данном случае от вакцинного в буквальном смысле - вирус вакциния, который использовался для прививки от оспы, в Бразилии "убежал".Теперь это все более распространяющаяся болезнь коров и тех людей, кто по работе имеет дело со скотиной. Называется вирус Канталаго (Cantalago).
У него еще два родственника в Бразилии - вирусы Araçatuba и Passatempo.
В Индии аналогичная болезнь распространилась среди буйволов.
http://wwwnc.cdc.gov/eid/article/15/7/08-1702_article
У него еще два родственника в Бразилии - вирусы Araçatuba и Passatempo.
В Индии аналогичная болезнь распространилась среди буйволов.
http://wwwnc.cdc.gov/eid/article/15/7/08-1702_article
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2015-09-25 09:21 am (UTC)что-то я читаю всякое-разное и никто сейчас не подтверждает что это убежавший штамм.
все грешат на природные резервуары. если вам попадутся убедительные статьи статьи что это беглый штамм - буду признателен.
вот для меня непротиворечивой показалась статья товарища из Вектора (да, понимаю что у него проф деформация :) но все же.
он сам http://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1003756
и статьи (довольно старые) на которые он ссылается аргументируя происхождение диких VACV из природных резервуаров
http://wwwnc.cdc.gov/eid/article/13/7/06-1404_article - и всколь я не вижу здесь каких-то косяков. хотя конечно сейчас так не работают.
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1286457907003450 но здесь они аккуратнее "Therefore, we cannot rule out the possibility that a closely WR-related strain might have been introduced and became established in nature. "
удивительно, точнее неудивительно что после этого не было работ сделанных на современном уровне.
хорошее дерево есть здесь, но авторы вообще игнорят происхождение VACV - зато четко видны две группы штаммов.
http://www.ajtmh.org/content/89/6/1142.full
ну и вообще не надо забывать что VACV не с луны свалился... и для меня всегда было большой загадкой что так мало известно про его происхождение, оказывается не мало. и товарищ и вектора пишет что Дженнер его брал от лошади и умножал в корове... что объясняет его близость к HSPV
no subject
Date: 2015-09-25 09:57 am (UTC)До полной расшифровки генома, как пишет тот же Щелкунов из Вектора, окончательно доказать/опровергнуть нельзя. Пока что доминирующей точкой зрения, как указывается и в его статье, является more widespread point of view is that VACV strains could be transmitted from vaccinated humans to domestic animals and further to wild ones with subsequent adaptation to the rural environment [подробнее http://wwwnc.cdc.gov/eid/article/13/7/06-1404_article]. Как обсуждается как раз в этой статье, велика вероятность, что этот штамм убегал (и неоднократно) не из вакцины программы ВОЗ, а из более ранних вакцинаций, или с перевитием на телятах. Да и убежать он мог не от людей, а от использованных коров.
То, что к началу XX века состав оспенных вакцин был самым разнообразным - очевидно. То, что Дженнер неоднократно менял показания в плане того, какой источник вакцины "настоящий" и в определенный период напирал на "лошадиный мокрец"- известно всем, кто занимался историй оспопрививания,я про это писал.
no subject
Date: 2015-09-25 10:33 am (UTC)его размер вроде не самый мелкий для вирусов (не моя тема) - ~200 тысяч нуклеотидов (~200kb, ), но по сегодняшним меркам это пшик. вообще пшик. бактериальный геном например 4Mb, а человека 3Gb. и ничего - секвенируют тысячами. один прогон самого массового секвенатора HiSeq2500 (стоит нынче 2-3к + фикс для подготовки каждого образца) дает порядка 50Gb выхода. Короче удивительно что нету нормальных работ по разнообразию диких штаммов.
О... нашел. свежак. 10 дней как досупен online-first, журнал тоже достойный (если не дают - стукните в личку)
http://jvi.asm.org/content/early/2015/09/10/JVI.01833-15.abstract
там что-то не все просто и они достаточно подробно пишут. но очевидно по геномам что Cantagalo вроде убежал в Бразилии очень давно. Но я первичку и картинки внимательно не смотрел - только буковки.
"Our data strongly support the hypothesis that CTGV-like viruses represent feral VACV that evolved in parallel with VACV-IOC after splitting from a most recent common ancestor, probably an ancient smallpox vaccine strain related to horsepox virus."
no subject
Date: 2015-09-25 10:45 am (UTC)no subject
Date: 2015-09-25 12:51 pm (UTC)no subject
Date: 2015-09-25 12:58 pm (UTC)no subject
Date: 2015-09-25 02:08 pm (UTC)no subject
Date: 2015-09-25 02:33 pm (UTC)no subject
Date: 2015-09-27 12:18 am (UTC)я не уверен, сегодня попробую все еще раз перечитать критичнее. пока не отвечайте :)
no subject
Date: 2015-09-27 04:32 am (UTC)1. VACV произошел/был взят от HSPV, понятно что они сейчас не идентичны т.к. полторы сотни лет эволюционировали независимо
2. его точка зрения что HSPV завозился в Бразилию не в виде вакцины а просто с больными лошадьми и грызунами. последние тоже являются природными хозяевами HSPV
3. индийские (и прочие) болезни буйволов он списывает на BPXV, который немного отличается от VACV и грешит на природный резервуар в грызунах
его заключение в форме предположения - что VACV/BPXV (видимо включая HSPV ? ) - have a wide host range, are zoonotic, are currently spread over large areas in Eurasia and South America, and that their natural carriers are several rodents.
В принципе типичная предвзятость вакцинатора и медицинского генетика :) но формулировки корректные .... "оценочное блин мнение"
Теперь поехали по первоисточникам по Бразильским штаммам
Brazilian Vaccinia Viruses and Their Origins (2007) приводят временную шкалу
которая рассказывает историю оспенных вакцин в Бразилии. Короче перенос в людях и отдельные эпизоды вакцинации с 19 века и ВОЗовская массовая кампания 4мя штаммами с в 60х-80х годах 20 века.
Анализируют 3-4 гена, методы анализа вполне адекватные, они подробно разбирают все мутации в этих трех генах, т.к. дерево отражает не все, а некий консенсус
что мы видим на филогенетическом дереве - цветом выделены "дикие бразильские штаммы" которые четко разваливаются на две группы, в одной из которых ура-ура оказывается некий вакцинный штамм WR, про который говорится что он исследовательский и неясно использовался он для вакцинации или нет. красные веточки были изолированы из грызунов (группа 2) начиная с середины 20 века, а остальные из коров. Изоляты первой группы (синенькие) распространены больше и появились в массе в конце 90х, но в целом такие заболевания крс в Бразилии известны с начала 20 века.
Итак у синей группы есть только один общий признак с "ВОЗовской" вакциной VACV-IOC а все остальное не поддерживает родство этой группы диких штаммов с ВОЗовскими, которые использовались в массовой программе второй воловины 20 века. Поэтому авторы связывают происхождение этой группы штаммов с разнообразными (неизвестными) штаммами VACV которые привозились в Бразилию начиная с 19 века.
С мышиными штаммами все еще непонятнее :) точнее авторы не хотят признавать их происхождение от "чисто лабораторной" WR. Который впрочем суть производное вакцинного штамма NYCBOH
Мое резюме - 4х генов недостаточно, уши вакцинных штаммов торчат или вытарчивают из диких, но неубедительно для клады 1 (синеньких). Обращаю внимание на присутсвие в этой же большой кладе VACV вирус - того самого лошадиного (HPXV=HSPV) и некого штамма из кролика из голландии (RPXV).
no subject
Date: 2015-09-27 04:32 am (UTC)Brazilian Vaccinia virus strains are genetically divergent and differ from the Lister vaccine strain (2007) с одним общим автором и они анализуруют практически тот же бразильский материал но уже по 10 генам. Подробно обсуждается изменчивость разных генов - какие-то более консервативные, какие-то менее и подвержены движущему(positive) отбору. Картинка такая же как и в первой статье (что неудивительно). Штаммы из грызунов и из коров. И результат вынесенный в заглавие правда налицо - штамм VACV Lister правда не имеет отношения к диким бразильским, зато как кролик из шляпы выскакивает другой массовый вакцинный штамм VACV IOC который чудным образом кластеризуется с дикими и с лошадиным мокрецом (прям из Стругацких).
И наконец упомянутая выше горячая еще статья с полногеномным анализом (сделан корректно) который дополнен еще массой вирусных тестов половину из которых я не понимаю
Genomic analysis, phenotype, and virulence of the historical Brazilian smallpox vaccine strain IOC: Implications for the origins and evolutionary relationships of vaccinia virus (2015) Они убедительно показывают родство VACV-IOV с дикими штаммами из коров (CTGV) и HSPV. Причем они по архивным данным предполагают происхождение IOC от первых животных вакцинн ввезенных в Бразилию в 1887 году из Франции. И идею Шелкунова о "невакцинном" заносе VACV в Бразилию они отвергают.
Загадкой остается вопрос о происхождении VACV. Сейчас считается (да-да это считается общепризнанным в большинстве статей) что дикий предок - HSPV, который был очень распространен в 19 веке и практически исчез к концу 20го (что неудивительно, но это отдельный разговор). Проблема в том что на полногеномных филогенетических деревьях включающих все штаммы VACV, HSPV не оказывается к корне этого дерева с европейскими VACV а группируется c IOC и CTGV или же иногда (в других анализах) с северо-американскими VACV штаммами. И это проблема.
Для ее решения авторы обратиились к истории VACV, что любопытно. Забудем про старину Дженнера ибо что он там использовал скрыто во мраке истории, а текущие вакцинные штаммы были изолированы во второй половине 19 века во Франции из так называемой "cow-pox" Beaugency (1866), хотя из "horse-pox" тоже делали вакцины. Но именно Beaugency отправилась в США в 1870 году. Но походу в VAVC NYCBH было намешано еще дофига с Кубы и Пуэрто-Рико и еще и humanized (Jennerian из Англии с 1856 года). Главное что это обясняет возможное происхождение Dryvax и IOC от французского стока. Авторы заканчивают на пессимистичной ноте, что из-за этой мешанины конца 19 века очень все сложно. И вот из-за этого чтобы перевезти безобидный штамм из одного здания в другое мне приходится заполнять фигову тучу бумаг.
Итак ДА, я снимаю шляпу и признаю ВСЕ бразильские дикие штаммы одичавшими вакцинными.
Возвращаясь к лошадиному мокрецу HSPV. Для сиквенса генома он был изолирован из монгольской лошади в 1976 году и убедительно оказался в основании VACV клады (слева).
Тем не менее совремеменные VACV происяходят скорее из смеси разных, независимо изолированных HSPV штаммов, что на полногеномном материале и с хорошим охватом разбирается группой Эванса.
Evolution of and Evolutionary Relationships between Extant Vaccinia Virus Strains (2015)
не вдаваясь во все детали и модели приведу просто картинку этих самых штаммов.
авторы вроде бы настаивают на среднеазиатском происхождении дикого штамма, который практически исчзнув теперь благополучно возвращается в природу из вакцин :)
С нетерпением ждем новых статей, которые будут анализировать вирусы из лошадей 19 века. Это все делается, главное чтобы было желание.
no subject
Date: 2015-09-27 07:35 pm (UTC)no subject
Date: 2015-10-22 09:11 pm (UTC)Скажите, 2myshki, вы - химик?
no subject
Date: 2015-10-22 10:49 pm (UTC)no subject
Date: 2015-10-23 07:41 am (UTC)no subject
Date: 2015-10-23 08:06 am (UTC)no subject
Date: 2015-10-23 08:07 am (UTC)no subject
Date: 2015-10-23 09:11 am (UTC)no subject
Date: 2015-10-23 09:22 am (UTC)no subject
Date: 2015-10-23 09:32 am (UTC)no subject
Date: 2015-10-23 09:33 am (UTC)no subject
Date: 2015-09-27 04:37 am (UTC)erratum
Date: 2015-09-27 07:13 am (UTC)этих самых штаммов.предполагаемого происхождения VACV штаммовno subject
Date: 2015-09-26 08:36 pm (UTC)no subject
Date: 2015-09-27 12:11 am (UTC)no subject
Date: 2015-09-27 07:32 pm (UTC)Здесь две мысли, которые иллюстрируются:
1) массовая вакцинация постоянно ведет к распространению или выведению новых патогенов
2) экологические ниши, освобождаемые в рез-те "ликвидации" - быстро стремятся к заполнению
no subject
Date: 2015-10-23 09:33 am (UTC)